Януш Бугайский является старшим научным сотрудником Jamestown Foundation в Вашингтоне, округ Колумбия, и ведущим телешоу «Час Бугайского», которое транслируется на Балканах. Ранее он являлся старшим научным сотрудником Центра анализа европейской политики (CEPA) в Вашингтоне, округ Колумбия, и директором Программы новой европейской демократии в Центре стратегических и международных исследований (CSIS).
Бугайский работал консультантом по восточноевропейским делам в различных организациях и правительственных учреждениях США, в частности в Агентстве США по международному развитию (USAID), Министерстве обороны Соединенных Штатов, Международном республиканском институте (IRI), Институте свободных профсоюзов (AFL-CIO), Совете по международным исследованиям. и обменов (IREX) и телевидения BBC в Лондоне
Он регулярно дает показания перед Конгрессом США. Он возглавляет программу изучения Южной и Центральной Европы Института дипломатической службы Государственного департамента США.
