Януш Буґайський є старшим науковим співробітником Jamestown Foundation у Вашингтоні, округ Колумбія, і ведучим телешоу «Година Бугайського», що транслюється на Балканах. Раніше він був старшим науковим співробітником Центру аналізу європейської політики (CEPA) у Вашингтоні, округ Колумбія, і директором Програми нової європейської демократії в Центрі стратегічних і міжнародних досліджень (CSIS).
Буґайський працював консультантом зі східноєвропейських справ у різних організаціях та урядових установах США, зокрема в Агентстві США з міжнародного розвитку (USAID), Міністерстві оборони Сполучених Штатів, Міжнародному республіканському інституті (IRI), Інституті вільних профспілок ( AFL-CIO), Раді з міжнародних досліджень та обмінів (IREX) і телебачення BBC у Лондоні.
Він регулярно дає свідчення перед Конгресом США. Він очолює програму вивчення Південної та Центральної Європи в Інституті дипломатичної служби Державного департаменту США.
