Себастіан Юнґер народився 17 січня 1962 року в Белмонті штату Массачусетс в родині емігрантів – художниці Еллен Сінклер і фізика Мігеля Чаперо Юнґера, які переїхали до Сполучених Штатів під час Другої світової війни через переслідування євреїв у Європі. У 1980 році закінчив Академію Конкорд, здобувши ступінь бакалавра мистецтв Весліанського університету з культурної антропології. Активно займався бігом на довгі дистанції, проводив літні тренування в резервації індіанського народу навахо, згодом написавши дисертацію про його традиційне доколумбове коріння.
Після виходу книги «Ідеальний шторм», яка перебувала у списку бестселерів New York Times протягом року, критики назвали автора-початківця новим Гемінґвеєм ,а три роки потому отримав Національну премію за статтю «Криміналістика війни» у журналі Vanity Fair. Писав для журналів Harper's, The New York Times Magazine, National Geographic Adventure, Outside і Men's Journal. Репортаж про Афганістан 2000 року, де описується лідер Північного альянсу Ахмед Шах Масуд, убитий за кілька днів до 11 вересня, став основою документального фільму National Geographic «У заборонену зону», познайомивши Америку з афганським опором, який протистоїть Талібану.
Разом з фотографом Тімом Хетерінгтоном відвідав долину Коренгал у східному Афганістані, зібравши велику кількість свідчень та зробивши відомі фотографії афганської війни, які лягли в основу чергового бестселера «Війна», що увійшов до десятки найкращих книг жанру нонфікшн за версією журналу Time у 2010 році. Згодом на основі книги вийшов документальний фільм Restrepo - переможець Великого призу журі за вітчизняну документалістику на кінофестивалі «Санденс» та номінований на премію «Оскар» за найкращий повнометражний документальний фільм. Як редактор Vanity Fair та спецкор ABC News висвітлював основні міжнародні новини в усьому світі, за свою роботу був відзначений преміями Peabody Award, National Magazine Award та SAIS Novartis у галузі журналістики. Також Себастіан Юнґер є автором бестселерів №1 за версією New York Times «Вогонь» і «Смерть у Белмонті», а його остання робота «Свобода» була опублікована Simon & Schuster у 2021 році.
Живе в Нью-Йорку та сільській місцевості Кейп-Коду з дружиною та двома дітьми.